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Diagnostica veterinaria, pilastro della risposta a Covid 19. Un aiuto decisivo per tracciare i focolai nei macelli con la sequenziazione del genoma del virus

Ieri si sono svolte contemporaneamente due interessanti iniziative: la Conferenza ESCAIDE (European Scientific Conference on Applied Infectious Diseases Epidemiology, – giornata Covid 19 – sotto patrocinio ECDC e la Giornata della Società italiana di Diagnostica Veterinaria sulla genomica di Sars-CoV-2.  La prima ha evidenziato, sotto il punto di vista dei Paesi Asiatici, la impreparazione dei Paesi Occidentali nella risposta alla pandemia. I Paesi Asiatici in cui possiamo anche includere Australia e Nuova Zelanda in Oceania, dopo l’esperienza Sars e Mers, sono stati più pronti ad adottare tempestivamente politiche di lockdown antitetiche alla herd immunity invocata da Gran Bretagna e Svezia, ad esempio. 

La giornata SIDILV ha evidenziato con i fatti (evidence-based) come la componente laboratoristica veterinaria – oltre a fornire un solido e qualificato sostegno alle politiche di testing in campo umano, ha una capacità di elaborazione scientifica del dato in informazione, che oggi costituisce il più apprezzato biglietto da visita in un quadro One Health anche nell’ottica di collaborazione e di condivisione di strumenti e conoscenze a livello nazionale e internazionale con ricercatori e medici. Lasciando agli interessati la consultazione nel dettaglio delle presentazioni che verranno rese disponibili sul sito della SiDilV a breve, ecco di seguito alcuni spunti emersi dal dibattito.

Anche in seguito all’evento “visoni”, oggi la condivisione delle sequenze genomiche dai casi confermati di Covid-19 riveste un interesse preventivo, per verificare meglio le modificazioni virali, e capire se tali modificazioni possano comportare rotture di immunità, alla base di fenomeni di re-infezione nello stesso soggetto, ovverossia progressivamente rendere meno efficaci vaccini e terapie basate su anticorpi monoclonali.

Da questo punto di vista la rete degli Izs è tra le più attive nel sequenziare e condividere sul portale open-access GIS-AID le sequenze genomiche di casi italiani, considerando inoltre che l‘Italia non certo brilla per capacità di condivisione delle informazioni (rispetto ai casi, siamo tra le nazioni con il minore numero di sequenze condivise) e per tempestività (siamo tra i paesi con il maggiore ritardo tra caso Covid-19 e condivisione della sequenza). In tale debolezza nazionale, la componente veterinaria è la più attiva, anche potendo contare sulla piattaforma bioinformatica Galaxy disponibile presso ISS e condivisa con l’IZS dell’Abruzzo e Molise, che permette alla “pipeline”  genomica ad accesso libero il confronto con gli altri genomi di Sars-CoV-2 condivisi a livello mondiale. In particolare, tale piattaforma risulta tra le più performanti nell’allineare correttamente le sequenze complete dei genomi virali, e verificare i siti di mutazione/delezione delle sequenze forieri di possibili/probabili cambi di immunità.

In tale contesto, è stato possibile verificare che in Italia sta circolando oggi in maniera prevalente la “variante” (clade) GV, che si è originata in Spagna questa estate, è che presenta una importante mutazione nella proteina Spike del virus, ritenuta la più immunogena.

Un’altra importante evidenza/informazione è che Sars-CoV-2 è assai probabilmente il frutto di una co-infezione di due differenti Coronavirus in uno stesso ospite animale intermedio tra pipistrello e uomo.  Mentre per gli altri due coronavirus pandemici Sars-CoV-1 e Mers, tale ospite intermedio è stato identificato nello zibetto e nel dromedario. Per il Sars CoV- 2 la caccia a tale ospite animale intermedio è aperta. Il discorso della co-infezione, già anticipato in un redazionale su questo sito in merito al fenomeno che comunemente si osserva in campo aviare tra virus attenuati vaccinali e virus di campo della bronchite infettiva oggi è di assoluta rilevanza sia in termini di biosicurezza, sia in termini di prevenzione di serbatoi animali – oltre il visone.

A tale proposito il convegno SiDilV ha fornito evidenze della replicazione “ex vivo” su isolati di trachea bovina e ovina, della replicazione di Sars-CoV-2, con importanti adattamenti della porzione della proteina Spike che interagisce con il recettore ACE2 specie-specifico:  sostituzione amminoacidica nel sito 614 della proteina spike (mutazione D614G). Tali evidenze sono pubblicate sulla rivista Veterinary Microbiology e costituiscono un ulteriore elemento di conferma ai modelli “in silico” che sulla base delle conformazioni delle proteine spike e ACE2, e agli stati di energia libera, avevano predetto una suscettibilità di conigli e ovini a tale infezione. Qui giova ricordare la definizione tra infezione e malattia, laddove uno stato di infezione può rimanere latente, e dopo alcuni passaggi ciechi nello stesso ospite, può manifestarsi con un quadro sintomatologico, come già dimostrato nel criceto e appunto nei visoni. Spunti di sorveglianza attiva di Covid 19 negli allevamenti intensivi, senza dovere aspettare sintomatologia clinica o indici di aumentata mortalità, timidamente accennati nell’Ordinanza sui Visoni  del Ministero della Salute.

A proposito di visoni, è da segnalare il primo riscontro fornito dalle autorità francesi, che da metà novembre hanno iniziato a testare i 4 allevamenti presenti sul territorio.

Un altro aspetto da non sottovalutare in quadro One Health, è la sequenziazione dei genomi nei gruppi di migranti che trovano accoglienza in Sicilia, con provenienze dal Nord e Centro Africa, da parte dell’IZS della Sicilia. Tale attività potrebbe trovare una applicazione nella sorveglianza genomica nei macelli, laddove non è infrequente il ricorso a mano d’opera nell’ambito delle persone presenti nei centri di accoglienza dei richiedenti asilo – come segnalato dal rapporto EFFAT (Associazione Europea dei Sindacati dell’Agricoltura e del Turismo) in merito ai Macelli come focolai Covid 19.

La giornata SiDilV ha dato dimostrazione di una collaborazione professionale, pro-attiva a livello di medicina di territorio della sanità pubblica veterinaria, in dialogo anche con i massimi esperti universitari di Coronavirus, con gli approcci trasversali richiesti dalla pandemia sia in termini di condivisione che di innovazione.  Un punto di partenza solido e prospettico per il raggiungimento degli Obiettivi di Sviluppo Sostenibile che vedono la salute al centro di tutte le politiche.

Didascalie

Figura 1. Distribuzione dei vari clades virali. In europa prevalente oggi il calde GV, originato questa estate in Spagna. Immagine tratta dal Sito Gis-Aid

Figura 2. Albero filogenetico dell’evoluzione di Sars-CoV-2 nel tempo in vari Clades. Immagine tratta dal Sito Gis-Aid.

 

(riproduzione ammessa solo citando la fonte – testo raccolto a cura della redazione)

27 novembre 2020

 

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